Eine abwechslungsreiche Karriere als Solist, Kammermusiker, Orchestermusiker und Pädagoge zeichnet den Lebenslauf von Michel Moragues aus. Seit 1989 ist er zweiter Soloflötist des Orchestre National de France sowie Professor für Kammermusik am Conservatoire National Superieur de Musique in Paris und Professor für Flöte am Conservatoire Regional de Paris.
Im Alter von 14 Jahren begann er sein Studium am Conservatoire National Supérieur de Musique in Paris in der Klasse von Jean Pierre Rampal und Alain Marion und gewann zwei Jahre später den ersten Preis für Flöte und den ersten Preis für Kammermusik in der Klasse von Christian Lardé . 1978 gewann er den Internationalen Wettbewerb der Guild of Artists Soloists von Paris und 1981 den Internationalen Wettbewerb in Budapest.
Michel Moragues begann seine Lehrtätigkeit im Alter von 17 Jahren als Flötenprofessor an der National School of Music in Chalon. Neben seinen derzeitigen Positionen am Conservatoire National Supérieur de Musique de Paris und am Conservatoire Regional de Paris ist Michel Moragues als Lehrer auf der ganzen Welt gefragt.
Als begeisterter Kammermusiker ist er Gründungsmitglied des Quintette Moragues, das er 1980 mit seinen beiden Brüdern Pierre und Pascal sowie David Walter und Patrick Vilaire, gründete und das weltweit mit großem Erfolg auftritt. Michel Moragues hat in der Kammermusik u.a. mit Partnern und Partnerinnen wie Barbara Hendricks, Sandrine Piau, Nora Gubbich, Shlomo Mintz, Regis Pasquier, Brigitte Engerer, Jean Claude Pennetier, Emmanuel Strosser, Alexandre Tharaud, Christoph Henkel, Anne Gastinel, Roland Pidoux, Xavier Phillips, Marc Coppey, Jerome Perno, Frédérique Cambreling, sowie dem Ysaÿe Quartett und dem Trio Wanderer zusammengearbeitet.
Als Orchestermusiker spielte er unter der Leitung von Dirigenten wie Leonard Bernstein, Pierre Boulez, Sir Colin Davis, Charles Dutoit, Daniele Gatti, John Elliot Gardiner, Neeme, Christian und Paavo Jarvi, Eugen Jochum, Lorin Maazel, Seiji Ozawa, Bernard Haitink, Riccardo Muti, Georges Pretre, Kurt Masur und David Zinman.
Seine Diskographie umfasst verschiedene Aufnahmen mit Werken von Ravel, Caplet, Albert Roussel u.a.
Michel Moragues war Gründer und Leiter des Festivals „Music in Grésivaudan“ (1993 bis 2003) und leitet derzeit mit anderen Mitgliedern des Moragues Quintetts das Sommerfestival der Kammermusik von Gourdon (Lot).