Friedrich Daniel Rudolph Kuhlau wurde am 11. September 1786 in Uelzen als Sohn des Militärmusikers Johann Karl Kuhlau und seiner Frau Dorothea Charlotte geb. Seegers geboren. Der Vater besserte, um die Familie ernähren zu können, seinen geringen Sold mit Musikunterricht auf und so wuchs der junge Friedrich umgeben von den Klängen der Blasinstrumente auf, denn der Vater spielte Oboe und Flöte. Bereits 1793 zog die Familie nach Lüneburg, wo Friedrich Kuhlau im Alter von 9 Jahren bei einem Unfall das rechte Auge verlor. Dieser Krankheitsprozess fesselte ihn für mehrere Monate ans Bett. Um ihm diese schwere Zeit zu erleichtern, stellten ihm die Eltern ein Clavichord quer über das Bett, auf dem der Knabe zu improvisieren begann. Die so erkannte musikalische Begabung ihres Sohnes versuchten die Eltern mit ihren geringen finanziellen Mitteln so gut wie möglich zu fördern, indem sie ihm nach der Genesung Klavierunterricht geben ließen, der Vater selbst unterrichtete Friedrich im Flötenspiel. Wahrscheinlich hat Kuhlau im Laufe der Jahre das Flöten ganz aufgegeben und später auch das Klavierspiel in der Öffentlichkeit, um sich ganz dem Komponieren zu widmen.
Da die Familie noch öfter umziehen musste, besuchten Friedrich und sein älterer Bruder Andreas verschiedene Internate, zuletzt taucht Friedrichs Name im Katharineum Braunschweig auf. Sein Schulgeld und den Lebensunterhalt verdiente er sich als Kurrendeschüler und durch Musikunterricht.
1803, nach Beendigung der Schule, zog Kuhlau zu seinen Eltern, die inzwischen in Hamburg wohnten; der Vater war aus dem Militärdienst ausgeschieden und lebte von Musik- und Instrumentalunterricht, den er in der Hansestadt erteilte. Kuhlaus Hoffnungen auf ein erfolgreiches Musikerleben in Hamburg wurden anfangs nicht erfüllt. Erst als er Schüler des damals allmächtigen Musikdirektors Christian Friedrich Gottlieb Schwencke wurde, bekam er Auftrittsmöglichkeiten als Pianist und hatte auch einige Erfolge als Komponist. Damit trat der 18jährige das erste Mal vor die Öffentlichkeit: Aufgeführt wurde die Ouvertüre seiner ersten (verschollenen) Oper „Amors Triumph“ und eine ebenfalls verschollene Sinfonie.
1806 trat er mit einem eigenen Klavierkonzert auf. Seine ersten Kompositionen, 3 Rondos für Klavier, op. 1-3 erschienen im Druck. 1810 druckte Breitkopf & Härtel auf Empfehlung Schwenckes die Klaviersonate Es-Dur op.4, das erste repräsentative Druckwerk Kuhlaus.