1825 trat Kuhlau seine nächste große Reise an, von Lübeck bis Wien, wo sich auch sein großer Wunsch erfüllte, Ludwig van Beethoven kennenzulernen. Ein wohl ausgesprochen gelungener Tag, an dem abends reichlich Champagner floss, ließ Beethoven in bester Laune den Kanon für Kuhlau, der als Meister der damals modernen Rätselkanons galt, „Kühl, nicht lau..“ schreiben, außerdem schenkte er seinem dänischen Kollegen eine Lithographie mit eigenhändiger Widmung. Die Eindrücke dieser Reise wirkten noch lange in Kuhlau nach und schlugen sich wohl auch in seinen Kompositionen nieder. Gleich nach seiner Rückkehr schrieb er die Schauspielmusik zu Boyes „William Shakespeare“, die aus einer Ouvertüre, mehreren Elfenchören und Gesängen besteht und die erfolgreich bis 1859 17mal aufgeführt wurde.
(3 Klaviersonatinen mit Variationen op.60, Introduktion und Variationen op. 63 für Klavier und Flöte op.63, Sonate op.64 für Klavier und Flöte,6 vierstimmige Gesänge für Männerstimmen op.67, 6 Divertissements op.68 für Flöte solo)
1826 siedelte Kuhlau mit seinen Eltern und seinem Neffen nach Lyngby, einem Dorf in der Nähe Kopenhagens über, was seiner ausgeprägten Naturverbundenheit ausgesprochen entgegen kam.
(Sonate op.69, 3 Rondos op. 70 für Klavier, Sonate op. 71 für Klavier und Flöte, 3 Rondos op. 73 für Klavier)
Auch seine letzte Oper „Hugo und Adelheid“, deren Entwurf er schon lange liegen hatte, und die er dann 1827 sehr schnell fertig stellte, nachdem ihm eine erhebliche Summe in Aussicht gestellt worden war, wenn sie zum Geburtstag der Königin aufgeführt werden könnte, war nicht sonderlich erfolgreich. Viel intensiver widmete sich der Komponist seinen Flötenkompositionen, die er von diesem Jahr an bei dem deutschen Musikverlag Schott’s Söhne unterbringen konnte, mit dem er aber auch Probleme mit der pünktlichen Bezahlung seiner Werke hatte.
(3 Sonaten op. 79 für Klavier und Violine, 3 Duos op. 80 für zwei Flöten, 3 Duos op.81 für zwei Flöten, 3 Sonaten op.83 für Klavier und Flöte, Sonate op.85 für Klavier und Flöte, 3 Trios op. 86 für drei Flöten, 3 Duos op. 87 für zwei Flöten, 4 Sonatinen op. 88 für Klavier)